Крупник е носител на много богата история още от древността. В редица източници селището се посочва като голям търговски център с име гр. Крупа (произлиза от „крупно” – голямо). През ХV-ХVІ в. селището е било център на епархия, начело с епископ.
През втората половина на ХVІ в. митрополит на Крупнишката епархия е Йоасаф. По негова инициатива е изработено ръкописното четвероевангелие, известно като Крупнишкото евангелие. През 1577 г. митрополит Йоасаф подарява евангелието на Рилския манастир. Четвероевангелието е майсторски обковано от софийския златар Матей с позлатени сребърни корици. Днес то се съхранява в музея на Рилския манастир.   Строежът на църквата “Св. архангел Михаил”, която се намира в центъра на селото, започва през 1932 и завършва през 1935 година. На 21 ноември 1935 година Неврокопският митрополит Борис освещава храма. Църквата е кръстокуполна, с два купола – един по-голям и един по-малък. Архитект и строител на храма е майстор Раденко от с. Трекляно, Кюстендилско.
Иконите и дърворезбата са от 1935 година, дело на Разложко-банската школа. Стенописите са рисувани през 1971-1974 година от художника Пантелей Сеферов от Костур. През 1985 година храмът е облицован отвън с нареченски бигор, а околохрамовото пространство е оформено и озеленено през 2004 година.